14 сентября Наполеон занял Москву без боя, а уже ночью того же дня город был охвачен пожаром, который к ночи 15 сентября усилился настолько, что Наполеон был вынужден покинуть Кремль. Пожар бушевал до 18 сентября и уничтожил большую часть Москвы.

До 400 горожан из низших сословий были расстреляны французским военно-полевым судом по подозрению в поджогах.

Существует несколько версий возникновения пожара:

• организованный поджог при оставлении города (обычно связываемый с именем генерал-губернатора Москвы Ростопчина);
• поджог русскими лазутчиками (несколько русских было расстреляно французами по такому обвинению);
• неконтролируемые действия оккупантов, случайно возникший пожар, распространению которого способствовал общий хаос в оставленном городе.

Главнокомандующий Кутузов, отступая из Москвы на юг на Рязанскую дорогу, совершил знаменитый Тарутинский манёвр. Сбив со следа преследующих кавалеристов маршала Мюрата, Кутузов свернул на запад с Рязанской дороги через Подольск на старую Калужскую дорогу, куда вышел 20 сентября в районе Красной Пахры (рядом с современным городом Троицк Московской области).

Затем, убедившись в невыгодности своей позиции, Кутузов к 2 октября перебросил армию на юг к селу Тарутино, что лежит по старой Калужской дороге в Калужской области недалеко от границы с Московской областью. Этим манёвром Кутузов перекрыл основные дороги Наполеону в южные губернии, а также создал постоянную угрозу тыловым коммуникациям французов.

Кутузов после отступления из Москвы избегал генерального сражения с французами, накапливая силы. Открыто о своих планах русский главнокомандующий не заявлял, но последующий ход событий позволяет предположить, что он предвидел ослабление французской армии в зимний период. Английский генерал Р. Вильсон, находящийся при штабе русской армии, подталкивал русское командование к решительной схватке.

Москву Наполеон назвал не военной, но политической позицией. Отсюда он делает неоднократные попытки примириться с Александром I. Наполеон обсуждал в штабе план похода на Петербург, но признал его невозможным в силу надвигающейся зимы, плохих дорог через местности, где снабжение войск выглядело проблематичным, и армии Кутузова в тылу.

В Москве Наполеон фактически оказался в западне: зимовать в разорённом пожаром городе не представлялось возможным, так как фуражировки за пределами города плохо удавались, растянутые на тысячи километров коммуникации французов были очень уязвимы, армия после перенесённых лишений начинала разлагаться. 5 октября Наполеон отправил генерала Лористона к Кутузову для пропуска к Александру I с наказом: «Мне нужен мир, он мне нужен абсолютно во что бы то ни стало, спасите только честь». Кутузов после короткой беседы отправил Лористона назад в Москву. Наполеон стал готовиться к отступлению пока не из России, но на зимние квартиры где-то между Днепром и Двиной.