25 ноября рядом искусных манёвров Наполеону удалось отвлечь внимание адмирала Чичагова к городу Борисову и к югу от Борисова. Чичагов полагал, что Наполеон намерен переправиться в этих местах, чтобы выйти коротким путём на дорогу к Минску и затем направиться на соединение с австрийскими союзниками. Тем временем французы навели 2 моста севернее Борисова, по которым 26—27 ноября Наполеон переправился на правый (западный) берег реки Березины, отбросив слабое сторожевое охранение русских.

Осознав заблуждение, адмирал Чичагов безуспешно атаковал Наполеона основными силами 28 ноября на правом берегу. На левом берегу французский арьергард, оборонявший переправу, был атакован подошедшим корпусом генерала Витгенштейна. Основная армия главнокомандующего Кутузова отстала позади.

Не дождавшись переправы всей огромной толпы отставших французов, состоявшей из раненых, обмороженных, потерявших оружие и гражданских, Наполеон приказал сжечь мосты утром 29 ноября. Основным итогом сражения на Березине явилось то, что Наполеон избежал полного разгрома в условиях значительного превосходства русских сил. В воспоминаниях французов переправа через Березину занимает не меньшее место, чем крупнейшее Бородинское сражение.

Потеряв на переправе до 30 тысяч человек, Наполеон с 9 тысячами оставшихся под ружьём солдат двинулся к Вильно, присоединяя по пути французские дивизии, действовавшие на других направлениях. Армию сопровождала большая толпа небоеспособных людей, главным образом потерявшие оружие солдаты из союзных государств. Ход войны на заключительном этапе, 2-х недельное преследование русской армией остатков наполеоновских войск до границы Российской империи, изложен в статье «От Березины до Немана». Сильные морозы, ударившие ещё во время переправы, окончательно истребили и без того ослабленных голодом французов. Преследование русских войск не дало возможности Наполеону собраться хоть немного с силами в Вильно, бегство французов продолжилось к реке Неману, разделявшей Россию от Пруссии и буферного государства Варшавское герцогство.

6 декабря Наполеон покинул армию, отправившись в Париж набирать новых солдат взамен погибших в России. Из 47 тысяч элитной гвардии, вошедшей в Россию с императором, через полгода осталось несколько сотен солдат.

14 декабря в Ковно жалкие остатки Великой Армии в количестве 1600 человек переправились через реку Неман в Варшавское герцогство, а затем в Пруссию. Позднее к ним присоединились остатки войск с других направлений. Отечественная война 1812 года завершилась практически полным уничтожением вторгнувшейся Великой Армии.